В процессе оптимизации денежных потоков во времени используются два основных метода — выравнивание и синхронизация. Выравнивание денежных потоков направлено на сглаживание их объемов в разрезе отдельных интервалов рассматриваемого периода времени. Этот метод оптимизации позволяет устранить в определенной мере сезонные и циклические различия в формировании денежных потоков (как положительных, так и отрицательных), оптимизируя параллельно средние остатки денежных средств и повышая уровень ликвидности. Результаты этого метода оптимизации денежных потоков во времени оцениваются с помощью среднеквадратического отклонения или коэффициента вариации, которые в процессе оптимизации должны снижаться. 

Синхронизация денежных потоков основана на ковариации положительного и отрицательного их видов. В процессе синхронизации должно быть обеспечено повышение уровня корреляции между этими двумя видами денежных потоков. Результаты этого метода оптимизации денежных потоков во времени оцениваются с помощью коэффициента корреляции, который в процессе оптимизации должен стремиться к значению «+1». 

Теснота корреляционной связи повышается за счет ускорения или замедления платежного оборота. 

Существует несколько основных методов расчета оптимального остатка денежных средств: математические модели Баумоля — Тобина, Миллера — Орра, Стоуна и др.

Важным этапом управления денежными потоками является анализ коэффициентов, рассчитанных на основе показателей движения денежных средств. Аналитиками предложено достаточно много коэффициентов, раскрывающих связь денежных потоков со статьями баланса и отчета о прибылях и убытках и характеризующих финансовую устойчивость, платежеспособность и рентабельность компаний. Многие из этих коэффициентов аналогичны показателям, рассчитываемым с использованием показателей прибыли или выручки.